CEBAL - GENÓMICA ANIMAL E BIOINFORMÁTICA

Genómica Animal e Bioinformática

As linhas de investigação do Grupo de Genómica Animal e Bioinformática incidem no uso de tecnologia de sequenciação e genotipagem de última geração para estudar a regulação e arquitetura genética de características quantitativas de importância económica. As atividades incidem principalmente nas espécies zootécnicas de maior relevância, como os suínos, bovinos e pequenos ruminantes (ovinos e caprinos). O objetivo principal é identificar marcadores moleculares associados com desempenhos produtivos superiores, para utilização em programas de seleção genética e/ou genómica.

Atualmente o grupo tem projetos, em várias fases de progresso, que incidem sobre a identificação e desenvolvimento de marcadores moleculares para características produtivas de interesse económico em suínos e resistência a doenças (peeira e parasitas gastrointestinais) em ovinos. Uma vez que as raças de animais estudadas são, na sua maioria, raças autóctones Portuguesas o grupo está também a desenvolver novos métodos e tecnologias para a rastreabilidade dos animais destas raças, assim como a traçabilidade dos produtos típicos que são produzidos com base nelas.

Estão também a decorrer vários projetos em plantas, que incluem a identificação de marcadores genéticos em pinheiro manso, a sequenciação do genoma do sobreiro, e o desenvolvimento de marcadores moleculares para o melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica. Outros projetos em plantas incluem a análise transcriptómica da resistência a vários fatores abióticos, como o estresse térmico e hídrico, em trigo e em sobreiro.

Membros do Grupo

Ana Usié (CV)

Investigadora

Doutorada em Bioinformática

Universidade de Lleida

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Tel: +351 284314399

Ext: 02049

Daniel Gaspar (CV)

Estudante de doutoramento

Mestre em Bioinformática e Biologia Computacional

Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa

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Tel: +351 284314399

Ext: 01107

Ex-membros do Grupo

Marcos Ramos, Investigador Principal (Jan. 205 - Jul. 2021)

Hugo Magalhães, Mestre (Fev. 2017 - Aug. 2020)

Marta Antunes, Mestre (Dec. 2017 - Aug. 2020)

Bruna Mendes, Mestre (Apr. 2019 - May. 2020)

Célia Leão, Post-Doc (Fev. 2017 - Jun. 2019)

Brigida de Meireles, Mestre (Oct. 2015 - Nov. 2018)

Pedro Barbosa, Mestre (Nov. 2014 - Aug. 2017)

Inés Chaves, Post-Doc

Projetos em curso

2023 - SOS_PRODEHESAMONTADO: Modelos de sostenibilidad integral y resiliencia de la dehesa-montado frente a las amenazas climáticas (POCTEP - 0086_SOS_Prodehesamontado_4_E)

Projetos Concluídos

2016 – 2021: SelectPorAl: “Seleção e melhoramento genómico de características produtivas do Porco Alentejano” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000032). Coordenação.

2016 – 2021: SelecTEcoli - Seleção e caracterização de estirpes de E. coli com tolerância acrescida a multi-inibidores derivados dos processos de pré-tratamento da biomassa lenhocelulósica (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000034).

2017 – 2020: INNOACE – Innovación abierta e inteligente en la EUROACE. Actividad 2 - Ación 2. Tarea 7. Propuestas para una gestión eficiente de la fertilización en plantaciones frutales de regadío en la zona Alentejo-Extremadura” (POCTEP).

2016 – 2020: GEN-RES-ALENTEJO - Utilização da genómica para apoio à seleção de ovinos resistentes a parasitoses e peeira no Alentejo (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000037)

2016 – 2020: SelectPinea: “Desenvolvimento de marcadores genéticos para características de interesse em pinheiro manso (Pinus pinea)” (ALT20-03-0145-FEDER-000041)

2016 – 2019: FASTBREED - implementação de um programa de melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000018)

2015 - 2019: Lentidev: Uma abordagem molecular da cortiça à porosidade da cortiça” (ALT20-03-0145-FEDER-000020)

2013 – 2019: Genetic characterization of national animal and plant resources using next-generation sequencing (Investigador FCT project IF/00574/2012/CP1209/CT0001). Coordenação.

2012 – 2015: “Genosuber - Sequenciação do genoma do sobreiro” ALENT-07-0224-FEDER-001754

Publicações recentes

Artigos em revistas de circulação internacional com revisão por pares

D. Gaspar, C. Trindade, A. Usié, B. Meireles, A. M. Fortes, J. Guimarães, F. Simões, R. Costa, A. M. Ramos (2020). Comparative transcriptomic response of two Pinus species to infection with the pine wood nematode Bursaphelenchus xylophilus. Forests 2020, 11(2), 204; https://doi.org/10.3390/f11020204

Capote, T., Usié, A., Barbosa P., Ramos, A.M., Morais-Cecílio, L. and Gonçalves, S. 2. (2019). Transcriptome dynamics of cork oak (Quercus suber) somatic embryogenesis reveals active gene players in transcriptome regulation and phytohormone homeostasis of embryo development. Tree Genetics & Genomes, 15: 52. https://doi.org/10.1007/s11295-019-1353-6

Capote, T., Barbosa, P., Usié, A., Ramos, A.M., Inácio, V., Ordás, R., Gonçalves, S. and Morais-Cecílio, L. (2018). Chip-Seq reveals that QsMYB1 directly targets genes involved in ligning and subering biosynthesis pathways in cork oak (Quercus suber). BMC Plant Biology 2018 Sep 17; 18(1):198.

Ramos , A.M., Usié, A., Barbosa, P., Barros, P.M., Capote, T., Chaves, I., Simões, F., Abreu, I., Carrasquinho, I., Faro, C., Guimarães, J.B., Mendonça, D., Nóbrega, F., Rodrigues, L., Saibo, N., Varela, M.C., Egas, C., Matos, J., Miguel, C.M., Oliveira, M.M., Ricardo, C.P., Gonçalves, S.. (2018). The draft genome sequence of cork oak. Scientific Data, 5, 180069.

B. Meireles, A. Usié, P. Barbosa, A.M. Fortes, A. Folgado. I. Chaves, I. Carrasquinho, R.L. Costa, S. Gonçalves, R.T. Teixeira, A.M. Ramos, F. Nóbrega (2018) Characterization of the cork formation and production transcriptome in Quercus cerris × suber hybrids. Physiology and Molecular Biology of Plants, pp 1-15, doi:10.1007/s12298-018-0526-3

A. Usié, F. Simões, P. Barbosa, B. Meireles, I. Chaves, S. Gonçalves, A. Folgado M.H. Almeida, J. Matos and A.M. Ramos (2017). Comprehensive Analysis of the Cork Oak (Quercus suber) Transcriptome Involved in the Regulation of Bud Sprouting. Forests, vol 8. No. 12. 486, doi:10.3390/f8120486

P. Barbosa, C. Leão, A Usié, A. Amaro, A. Botelho, C. Pinto, J. Inácio, K. Stevenson and A.M. Ramos (2017) Draft Genome Sequence of a Rare Pigmented Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis Type C Strain. Genome Announcements, 5(41), e01066–17. http://doi.org/10.1128/genomeA.01066-17

D. Gaspar, C. Trinidade, A. Usié, B. Meireles, P. Barbosa, A. Fortes, C. Pesquita, R. Costa and A.M. Ramos (2017) Expression Profiling in Pinus Pinaster in Response to Infection with the Pine Wood Nematode Bursaphelenchus xylophilus. Forests, vol 9. No. 8. 279, doi: 10.3390/f8080279

Oral presentations

Ramos, A.M. (2016). Development of genetic markers for economically important traits in the Alentejano pig. 2016 X Iberian Congress on Animal Genetic Resources, Castelo Branco, Portugal, 15-17 September

Ramos, A.M., Genosuber Consortium (2016). The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

Ramos, A.M. (2015). Genetic biomarkers for the traceability of animal products. 1^st National Symposium “Biomarkers in Animal Science and Veterinary Sciences: An Interdisciplinary Approach”, Évora, Portugal, 31 March

Ramos, A.M., Genosuber Consortium (2015). The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome. Fisiologia Vegetal, XXI Meeting of the Spanish Society of Plant Physiology, XIV Iberian Meeting of Plant Physiology, Toledo, Spain, 14-17 June

Abstracts/Posters

B. Mendes, M. Antunes, A. Usié, C. Leão, A.M. Ramos (2020). “Characterization of the stone pine (Pinus pinea) needle transcriptome: de novo assembly and SNP identification”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal.

M. Antunes, B. Mendes, H. Magalhães, A. Usié, T. Sampaio, F. Simões, H. Almeida, A.M. Ramos (2020). “Identification of genetic markers for traits of economic importance in cork oak using high throughput SNP genotyping”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal

B. Mendes, T. Sampaio, M. Antunes, H. Magalhães, A. Usié, F. Simões, H. Almeida, A.M. Ramos (2020). “Kinship analysis and Pedigree Reconstruction of a Self-Regenerating Cork Oak Population”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal

A. Usié, H. Magalhães, M, Antunes, C. Leão, D. Gaspar, B. Meireles, P. Barbosa, L. Cachucho, A. Albuquerque, R. Charneca, J. Martins, E. Jerónimo, A.M. Ramos (2020). “Whole genome resequencing analysis of Alentejano pigs reveals differences associated with meat quality phenotypes”. Bioinformatics open days. February 19th-21st, 2020, Braga, Portugal

A. Usié, H. Magalhães, C. Leão, D. Gaspar, B. Meireles, P. Barbosa, L. Cachucho, A. Albuquerque, R. Charneca, J. Martins, E. Jerónimo, A.M. Ramos (2020). “Whole Genome Analysis of Alentejano Pigs with Contrasting Meat Quality Phenotypes”. Plant & Animal Genome XXVIII Conference, January 11-15, 2020 in San Diego, CA at the Town & Country Hotel and Convention Center.

C. Leão, A. Usié, M. Antunes, H. Magalhães and A.M. Ramos. (2018). “Identification and characterization of SNPs in stone pine (Pinus pinea) transcriptome”. Bioinformatics open days. March 14th-16th, 2018, Braga, Portugal.

Gaspar, D., Meireles, B., Usié, A., Barbosa, P., Scotti, P., Semedo, J., Pais, I., Maçãs, B., Almeida, A., Costa, R., Coutinho, J., Pinheiro, N., Matos, J., Simões, F., Mendonça, D., Guimarães, J., Ramos, A.M. (2017). Comparative analysis of transcriptional response to heat stress in two durum wheat (Triticum durum) varieties. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

Meireles, B., Gaspar, D., Usié, A., Barbosa, P., Scotti, P., Semedo, J., Pais, I., Maçãs, B., Almeida, A., Costa, R., Coutinho, J., Pinheiro, N., Matos, J., Simões, F., Mendonça, D., Guimarães, J., Ramos, A.M. (2017). Identification of miRNAs related with the response to heat stress in two Triticum durum varieties. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

Barros, P.M., Barbosa, P., Usié, A., Oliveira, M.M., Pesquita, C., Ramos, A.M. (2017). Alternative splicing detection across different tissues in cork oak. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

Barbosa, P., Leão, C., Usié, A., Chaves, I., Amaro, A., Botelho, A., Pinto, C., Stevenson, K., Inácio, J., Ramos, A.M. (2016). Genome wide comparison between Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis non-pigmented and pigmented isolates. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

Gaspar, D., Trindade, C., Usié, A., Barbosa, P., Fortes, A., Pesquita, C., Costa, R., Ramos, A.M. (2016). Characterization of the maritime pine (Pinus pinaster) transcriptome in the response to infection with Bursaphelenchus xylophilus, the causal agent of pine wilt disease. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

Usié, A., Simões, F., Barbosa, P., Meireles, B., Chaves, I., Almeida, M.H., Matos, J., Ramos, A.M. (2016). Comprehensive analysis of the cork oak (Quercus suber) transcriptome involved in the regulation of bud sprouting and foliar development. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February