O CEBAL desenvolve várias colaborações diretas com vários parceiros do sistema de I&DT nacional, instituições internacionais, bem como com empresas e outros agentes económicos de relevo para o trabalho a desenvolver. Destaca-se a relação institucional estratégica no território com o Instituto Politécnico de Beja e com a Universidade de Évora, por via da unidade de investigação MED - Instituto Mediterrâneo para a Agricultura, Ambiente e Desenvolvimento.

O MED (https://www.med.uevora.pt/) foi criado em janeiro de 2020, com o envolvimento de Centros de Investigação do Alentejo e Algarve, nomeadamente o CEBAL, o ICAAM - Universidade de Évora, o Cibio - Pólo de Évora e o MeditBio – Universidade do Algarve, numa estratégia colaborativa e de integração de competências para criar no sul de Portugal um centro único, multidisciplinar, a desenvolver investigação de excelência em torno do Mediterrâneo, explorando áreas relacionadas com Sistemas Agro-Alimentares, Água e Recursos Energéticos e Património Cultural. A sua missão centra-se em promover a sustentabilidade dos ecossistemas e a segurança alimentar como um importante contributo para a coesão territorial e o bem-estar.