Genómica Animal e Bioinformática

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As linhas de investigação do Grupo de Genómica Animal e Bioinformática incidem no uso de tecnologia de sequenciação e genotipagem de última geração para estudar a regulação e arquitetura genética de características quantitativas de importância económica. As atividades incidem principalmente nas espécies zootécnicas de maior relevância, como os suínos, bovinos e pequenos ruminantes (ovinos e caprinos). O objetivo principal é identificar marcadores moleculares associados com desempenhos produtivos superiores, para utilização em programas de seleção genética e/ou genómica.

Atualmente o grupo tem projetos, em várias fases de progresso, que incidem sobre a identificação e desenvolvimento de marcadores moleculares para características produtivas de interesse económico em suínos e resistência a doenças (peeira e parasitas gastrointestinais) em ovinos. Uma vez que as raças de animais estudadas são, na sua maioria, raças autóctones Portuguesas o grupo está também a desenvolver novos métodos e tecnologias para a rastreabilidade dos animais destas raças, assim como a traçabilidade dos produtos típicos que são produzidos com base nelas.

Estão também a decorrer vários projetos em plantas, que incluem a identificação de marcadores genéticos em pinheiro manso, a sequenciação do genoma do sobreiro, e o desenvolvimento de marcadores moleculares para o melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica. Outros projetos em plantas incluem a análise transcriptómica da resistência a vários fatores abióticos, como o estresse térmico e hídrico, em trigo e em sobreiro. 

 


 

 

Membros do Grupo

 

  Marcos Ramos (CV)

  Investigador principal

  Doutorado em Genética e Melhoramento Animal

  Iowa State University, USA

 

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 02049

 


  

  Ana Usié (CV)

  Investigadora de Pós-Doutoramento                

  Doutorada em Bioinformática                    

  Universidade de Lleida

 

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 01107/01105 

   


   

  Célia Leão (CV)

  Investigadora de Pós-Doutoramento                

  Doutorada em Biologia

  FCT, Universidade Nova de Lisboa

 

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 01107/01105 

 

 


 

  Pedro Barbosa (CV)

  Investigador

  Mestrado em Bioinformática                          

  Universidade do Minho

 

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  Tel: +351 284319399

  Ext: 01107

 

 

 


 

  Brígida Meireles (CV)

  Investigadora

  Mestrado em Bioinformática                      

  Universidade do Minho

 

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  Tel: +351 284319399

  Ext: 01107

 

 

 

 


 

  Daniel Gaspar (CV)

  Mestrado em Bioinformática                     

  Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa 

  

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 01107

 

 

  


 Estagiários do Grupo

  Hugo Magalhães 

  Estudante de Mestrado                                    

  Universidade do minho 

  

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  Tel: +351 284314399

  Ext: 01107

 

 

 

 


Ex-membros do Grupo

Inés Chaves, Post-Doc 


Projetos em curso

2012 – Genosuber - Sequenciação do genoma do sobreiro. (ALENT-07-0224-FEDER-001754).

2013 – Genetic characterization of national animal and plant resources using next-generation sequencing (Investigador FCT project IF/00574/2012/CP1209/CT0001). Coordenação.

2016 – SelectPorAl: “Seleção e melhoramento genómico de características produtivas do Porco Alentejano” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000032). Coordenação.

2016 – SelectPinea: “Desenvolvimento de marcadores genéticos para características de interesse em pinheiro manso (Pinus pinea)” (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000041). Coordenação.

2016 – GEN-RES-ALENTEJO - Utilização da genómica para apoio à seleção de ovinos resistentes a parasitoses e peeira no Alentejo (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000037).

2016 – SelecTEcoli - Seleção e caracterização de estirpes de E. coli com tolerância acrescida a multi-inibidores derivados dos processos de pré-tratamento da biomassa lenhocelulósica (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000034).

2016 – FASTBREED - implementação de um programa de melhoramento de variedades de trigo com base em seleção genómica (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000018).

2016 – LENTIDEV - uma abordagem molecular à porosidade da cortiça (ALENTEJO2020 - Refª ALT20-03-0145-FEDER-000020).

Oral presentations

RAMOS, A.M., 2016. Development of genetic markers for economically important traits in the Alentejano pig. 2016 X Iberian Congress on Animal Genetic Resources, Castelo Branco, Portugal, 15-17 September

RAMOS, A.M., GENOSUBER CONSORTIUM, 2016. The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

RAMOS, A.M., 2015. Genetic biomarkers for the traceability of animal products. 1st National Symposium “Biomarkers in Animal Science and Veterinary Sciences: An Interdisciplinary Approach”, Évora, Portugal, 31 March

RAMOS, A.M., GENOSUBER CONSORTIUM, 2015. The draft assembly and annotation of the cork oak (Quercus suber L.) genome. Fisiologia Vegetal, XXI Meeting of the Spanish Society of Plant Physiology, XIV Iberian Meeting of Plant Physiology, Toledo, Spain, 14-17 June

Abstracts

GASPAR, D., MEIRELES, B., USIÉ, A., BARBOSA, P., SCOTTI, P., SEMEDO, J., PAIS, I., MAÇÃS, B., ALMEIDA, A., COSTA, R., COUTINHO, J., PINHEIRO, N., MATOS, J., SIMÕES, F., MENDONÇA, D., GUIMARÃES, J., RAMOS, A.M., 2017. Comparative analysis of transcriptional response to heat stress in two durum wheat (Triticum durum) varieties. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

MEIRELES, B., GASPAR, D., USIÉ, A., BARBOSA, P., SCOTTI, P., SEMEDO, J., PAIS, I., MAÇÃS, B., ALMEIDA, A., COSTA, R., COUTINHO, J., PINHEIRO, N., MATOS, J., SIMÕES, F., MENDONÇA, D., GUIMARÃES, J., RAMOS, A.M., 2017. Identification of miRNAs related with the response to heat stress in two Triticum durum varieties. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

BARROS, P.M., BARBOSA, P., USIÉ, A., OLIVEIRA, M.M., PESQUITA, C., RAMOS, A.M., 2017. Alternative splicing detection across different tissues in cork oak. 6th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 22-24 February

BARBOSA, P., LEÃO, C., USIÉ, A., CHAVES, I., AMARO, A., BOTELHO, A., PINTO, C., STEVENSON, K., INÁCIO, J., RAMOS, A.M., 2016. Genome wide comparison between Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis non-pigmented and pigmented isolates. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

GASPAR, D., TRINDADE, C., USIÉ, A., BARBOSA, P., FORTES, A., PESQUITA, C., COSTA, R., RAMOS, A.M., 2016. Characterization of the maritime pine (Pinus pinaster) transcriptome in the response to infection with Bursaphelenchus xylophilus, the causal agent of pine wilt disease. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February

USIÉ, A., SIMÕES, F., BARBOSA, P., MEIRELES, B., CHAVES, I., ALMEIDA, M.H., MATOS, J., RAMOS, A.M., 2016. Comprehensive analysis of the cork oak (Quercus suber) transcriptome involved in the regulation of bud sprouting and foliar development. 5th Bioinformatics Open Days, Braga, Portugal, 18-19 February 

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