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Informação geral - Equipa científica

Draft do genoma do sobreiro - População de sobreiros F1

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Uma análise detalhada dos dados, metodologias de análise e resultados obtidos na sequenciação do draft do genoma do sobreiro estão descritos com maior detalhe no artigo científico publicado em Maio de 2018 na revista Scientific Data (https://www.nature.com/articles/sdata201869).

Dados de sequenciação de última geração produzidos na plataforma Illumina foram utilizados para determinar a sequência do draft do genoma do sobreiro. Diferentes tipos de bibliotecas (paired-end e mate-pair) foram geradas, e a sequenciação resultou num total de 10,560,988,448 sequências. Dados de transcriptómica foram também produzidos para cinco tecidos de sobreiro (xilema, entrecasco, felogénio, folha e pólen), gerando um total de 1,530,447,601 sequências, que foram posteriormente utilizadas na fase de anotação do genoma.

O draft do genoma do sobreiro contém 23,344 fragmentos, e um comprimento total de 953.3 Mb. O N50 observado foi de 465.2 kb, enquanto que o fragmento mais longo apresentou um comprimento de 2,284,287 bp. Uma percentagem significativa do genoma está representada nos fragmentos de maior tamanho. Por exemplo, os 2,022 fragmentos com comprimento superior a 100 kb contêm 823.7 Mb de sequência, o que representa 86.4% do genoma sequenciado.

 

 

A anotação do draft do genoma previu 79,752 genes e 83,814 transcritos, incluindo ainda 33,658 genes validados com os dados de transcriptómica. A anotação funcional do genoma foi também realizada, e uma assinatura InterPro foi detetada para 69,218 transcritos, o que representou 82.6% do total.

 

 

 

 

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